Le CERMES est un Etablissement Public à caractère Scientifique et Technique (EPST) placé sous la tutelle du Ministère de la Santé Publique de la république du Niger. 

Le CERMES est membre du Pasteur Network ( anciennement réseau International des Instituts pasteur) depuis 2007 et Institution Nationale de Coordination de l’Organisation Ouest Africaine de la Santé (l’OOAS).